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DNA甲基化是重要的表观遗传学调控机制，可以抑制基因转录过程，在重要生物学过程中起调控作用，是当前生命科学研究的热点之一。

目前，甲基化测序有两类主要的技术原理：

1、使用重亚硫酸盐（bisulfite）处理DNA样本，将未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），通过高通量测序比较处理前后DNA序列差异判断各位点的甲基化状态；

2、利用同裂限制性内切酶（如HpaII和MspI）对不同甲基化状态位点切割能力的差异，产生不同切割序列，进而通过测序方法识别相应的切割状态来识别切点的甲基化状态。

依据是否对待测基因组DNA进行限制性内切酶处理加以简化，甲基化测序可分为全基因组甲基化测序和简化甲基化测序。

其中，全基因组甲基化测序主要使用重硫酸盐处理（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS），可以在全基因组水平提供单碱基精度的甲基化状态，是甲基化测序的金标准。但是，WGBS对测序数据量要求高，成本较高。

简化甲基化测序可以在内切处理后使用重硫酸盐处理（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS），也可以采用不同的甲基化状态敏感同裂限制性内切酶处理（Amplified-Fragment Single nucleotide polymorphism and Methylation，AFSM）。简化甲基化测序可以以较小的测序数据量得到甲基化状态信息，成本较低，但无法覆盖全基因组的所有甲基化位点。

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       加州大学洛杉矶分校的Jacobsen研究组首次利用全基因组甲基化测序技术测定了基因分辨率的拟南芥全基因组单碱胞嘧啶甲基化图谱，系统分析了拟南芥基因组甲基化的序列特征，验证了WGBS测序技术的在基因组甲基化研究中的强大威力。